Zavod za zaštitu spomenika obavlja stručne i druge poslove koji zahtijevaju primjenu stručnih, znanstvenih i kreativnih metoda rada i s njima povezane upravne poslove u oblasti zaštite i uporabe kulturno-povijesnog nasljeđa: istražuje, proučava, dokumentira i obrađuje prikupljene podatke, valorizira i štiti evidentirane objekte kulturno-povijesnog nasljeđa, izrađuje sve propisane i standardizirane programe zaštite i uporabe objekata kulturno-povijesnog nasljeđa, arhivira i čuva dokumentaciju o objektima kulturno-povijesnog nasljeđa, utvrđuje mjere i uvjete buduće namjene, uporabe i upravljanja objektima kulturno- povijesnog nasljeđa, priprema programe sanacije, konzerviranja, restauracije, rekonstrukcije i rehabilitacije objekata kulturno- povijesnog nasljeđa, provodi nadzor nad realiziranjem programa i projekata zaštite i uporabe objekata kulturno-povijesnog nasljeđa, daje mišljenje na programe i projekte zaštite i uporabe objekata kulturno-povijesnog nasljeđa koje su izradile druge fizičke i pravne osobe, sudjeluje u izradi zakona i drugih propisa vezanih za zaštitu i uporabu kulturno- povijesnog nasljeđa, obavlja i druge poslove iz oblasti zaštite i uporabe kulturno-povijesnog nasljeđa utvrđene zakonom i drugim propisima.
Za obavljanje poslova iz nadležnosti Zavoda formiraju se sljedeće osnovne organizacijske jedinice:
- Odjel za informaciono-dokumentacione i znanstvene poslove
- Odjel za operativno-tehničku zaštitu